V roce 1656 byly položeny základy jezuitského chrámu. Staviteli byli Dominik Ursini a Carlo Lurago.V čele kostela jsou tři portály, které jsou dílem Kiliána Ignáce Dienzenhofera. Kostel několikrát vyhořel, do současné podoby byl opraven po požáru v roce 1810. Chrám je 49 metrů dlouhý a 28 metrů široký, výška hlavní lodi je 23,4 metru. Pod kostelem jsou rozsáhlé katakomby, kde byli pochováváni bratři a šlechta sympatizující s jezuity.
Na spáleništi 12 domů pod Černou věží byla v letech 1675 - 1679 a 1689 - 1717 postavena jezuitská kolej. Působil zde např. Bohuslav Balbín, který zde napsal slavné dílo Obrana jazyka slovanského. V roce 1773 byla kolej přeměněna na kasárna. V současné době budova slouží k obchodním účelům, sídlí zde i městská knihovna.
Katakomby kostela
Katakomby jsou raritou evropského charakteru. Byly zde ukládány rakve s těly řádových bratří v černých klerikách a šlechtici v nádherném oblečení. Jejich těla se vlivem klimatických podmínek proměnila ve vyschlé mumie, vážící dnes asi 8-10 kg. Těla tedy nebyla mumifikována uměle, ale k přirozené mumifikaci docházelo vysušením vzduchem, který proudí i vzduchovými kanály - průchody (vyúsťují až na střeše kostela).
Katakomby v Klatovech vznikly při výstavbě kostela Neposkvrněného početí P.Marie, kterou prováděli jezuité v letech 1656-1675. Stavbu vedl jezuitský stavitel Jan Dominik Orsi. První pohřby se datují rokem 1676, poslední pohřbený zde byl v roce 1783. Celkem zde bylo pohřbeno přes 200 osob. Do dnešních dnů se zachovalo přes 30 těl.